玉米青枯病的病原菌尚有争论，各地分离的病菌不同，有三种看法： 1. 由真菌镰刀菌引起的；2. 由真菌腐霉菌引起的；3. 是由腐霉菌和镰刀菌复合侵染形成的。这三种情况是都存在的，由于各地生态环境不同，所以得出的结果不一。镰刀菌和腐霉菌二者都能浸染致病，引起玉米青枯病，只是环境不同，主次不一而已。
